ある日、宇宙から飛来した物体が地球に落下した。
落下した物体から６つの光が世界中に散らばり、落下現場近くをさまよっていたひとりの少女が西園寺に拾われる。

それから１７年後、全宇宙の人類殲滅をもくろむ”機械帝国ガルファ”が地球侵攻を開始し、
月軌道上にガルファの要塞”螺旋城”が出現する。
螺旋城から発進した”機獣”が世界中の都市を襲い、そのうちの一体が星見町に襲来した。

その日、星見町に引っ越してきたばかりの少年・草薙北斗は、同級生となる少年・出雲銀河と出会っていた。
２人はガルファの機獣に追われて逃げ込んだ先で巨大ロボット”電童”と遭遇し、そのパイロットに選ばれる。
対ガルファ用地球防衛組織”ギア”のメンバーとなった２人は、ときに衝突しながらも協力して電童を操り、ガルファの機獣や機士たちと戦っていく。

北斗の母・織絵の兄であるアルテアとの戦いや、電童の武器となる電子の聖獣”データウェポン”たちとの友情、
ガルファに洗脳されてしまった北斗と銀河の戦い、ガルファ皇帝の息子スバルとの出会い……
さまざまな経験を経て成長した銀河と北斗は、やがて機械帝国ガルファの本星、惑星アルクトスへと到達する。

敵の圧倒的な戦力と、無限に再生するガルファ皇帝の半身”ゼロ”に苦戦する電童だが、
最後となる７体目のデータウェポン”フェニックスエール”が出現。
フェニックスの力を借りた電童はガルファ皇帝を打ち破るべく、最後の決戦に挑む……。